Инициатива строительства храма исходила от русской диаспоры Кубы, этот вопрос обсуждался на встрече главы Отдела внешних церковных связей Московского патриархата Кирилла, позднее ставшего Патриархом Московским и всея Руси, с руководителем Кубы Фиделем Кастро.
Было получено положительное решение, и спустя тридцать три месяца храм был возведён, освящение произошло осенью 2008 года. Отмечается, что возникновение православного храма в кубинской столице стало символом многолетней дружбы двух стран.
За годы работы храма вокруг него сплотилась община, в которую входят не только российские соотечественники и другие русскоязычные жители Кубы, но также кубинцы. Участниками литургии в честь Казанской иконы Божией Матери стали представители кубинских властей, российские дипломаты и соотечественники, а также местная интеллигенция и учащиеся.
В рамках события открылась выставка, посвящённая пятнадцатилетию храма, гости смогли увидеть видеокадры освящения храма и фильм о храме Василия Блаженного на испанском языке.
