В июне 1967 года боевых действий в Иерусалиме никто особо не ждал – Иордания к войне не готовилась, Израиль, планируя войну одновременно с Египтом и Сирией, меньше всего желал открытия третьего фронта, поэтому иорданскому королю Хусейну были даны гарантии ненападения в случае сохранения нейтралитета. Однако монарх не смог устоять перед общеарабским давлением (а может, поверил египетской пропаганде, в первый же день объявившей о разгроме израильской армии). 5 июня, в первый же день Шестидневной войны, иорданская армия начала обстрел израильской территории. Последствия оказались катастрофическими: уже 7 июня израильская армия отбросила противника за Иордан, овладев Иудеей и Самарией, включая Восточный Иерусалим, который с 1949 года находился под иорданским суверенитетом.

Немногочисленные русские (преимущественно монахи и священники), находившиеся в то время в Иерусалиме, неожиданно для себя оказались в самом эпицентре боевых действий. Как вспоминала игуменья Гефсиманского монастыря Мария (Робинсон), Гефсимания «была буквально окружена войсками, не было ни одной категории современных орудий, которая не была бы использована обеими сторонами». Досталось и соседнему Элеонскому монастырю, где от осколка случайного снаряда погибла привратница, мать Евлалия – её тело нашли на посту, с чётками в руках. В обоих монастырях во время бомбардировки были выбиты все стекла, несколько зданий получили серьёзные повреждения.

По окончании боевых действий жизнь далеко не сразу вернулась в нормальную колею – первое время не было ни воды, ни света, в занятых арабских районах действовал комендантский час. Некоторых русских, например священника из Вифании о. Феодосия, израильтяне подозревали в симпатии к иорданцам, поэтому, как писала игуменья Мария, первое время он имел серьёзные проблемы с новой властью. Кроме того, наступление израильской армии вызвало паническое бегство арабского, в том числе православного, населения. При этом, по словам одной из монахинь, был похищен единственный автомобиль Гефсиманского монастыря, на котором кто-то из беженцев увёз семью в Иорданию.

Тем не менее большинство русских иерусалимцев с радостью встретило произошедшие в городе перемены. Во-первых, новая власть, по всеобщему признанию, повела себя в отношении русских святынь совершенно корректно. Как писала игуменья Мария, «израильтяне очень добры, и особенно по отношению к монастырям»; другая монахиня так же свидетельствовала, что «победители… держат себя очень скромно, вежливы и оказывают помощь по разным вопросам». Но самое главное, русские иерусалимцы горячо приветствовали политику Израиля по объединению Святого города.

Согласно резолюции ООН, на территории Палестины должны были возникнуть два государства, еврейское и арабское, причём Иерусалим не должен был достаться ни тому, ни другому – для города был предусмотрен специальный международный статус. Как эта схема должна работать, никто, кажется, не думал, а проверить это на практике не довелось – в ходе войны 1948–1949 гг. западные кварталы города были заняты Израилем (провозгласившим Иерусалим своей столицей), восточные же, включая Старый город, – Иорданией. Вдоль демаркационной линии была воздвигнута уродливая бетонная стена, окружённая проволочными заграждениями и разделившая святой город на две части. Раздел сопровождался обменом населения – арабы покинули кварталы, занятые Израилем, евреи – Иорданией. Немногочисленные русские оказались по обе стороны стены: на иорданской территории остались монастыри Масличной горы и подворье Александра Невского, расположенное рядом с храмом Гроба Господня, на израильской – крупнейший в городе православный Троицкий собор, а также Горненский женский монастырь близ больницы Хадасса Эйн-Керем.

О том, как влияла стена на жизнь Иерусалима, красноречиво свидетельствует анекдотический инцидент, произошедший с одной католической монахиней, жившей в келье, окна которой выходили на разделительную полосу. Неосторожно выглянув из окна, женщина выронила искусственную челюсть, которая, упав за стену монастыря, оказалась на нейтральной территории. Для отыскания пропажи потребовалось специальное разрешение Комиссии ООН, и лишь после долгой дипломатической переписки трём израильским офицерам позволили пересечь заграждение и вернуть челюсть владелице.

Для русских ситуация осложнялась ещё и тем, что многие из них имели только нансеновские паспорта, с которыми нельзя было пересечь иордано-израильскую границу. До 1967 года русский Иерусалим, таким образом, был разорван на две части. Получив в 1967 году Иудею и Самарию, правительство Израиля так и не смогло толком решить, что делать с этим неожиданным приобретением (судя по всему, не знает оно этого и сегодня). И лишь в Иерусалиме оно действовало решительно и без колебаний. Практически сразу по окончании боевых действий разделительная стена была разрушена, арабский муниципалитет Восточного Иерусалима уничтожен, а бывшие иорданские кварталы подключены к общеизраильскому водопроводу. Святой город вновь стал единым.

Русские иерусалимцы встретили эти перемены с нескрываемой радостью. Как писала игуменья Мария, «теперь у нас Единый Город…много радости, что мы свободны, все разделяющие стены разрушены». Ей вторил другой православный иерусалимец: «Вдруг развернулась карта Палестины. И стали доступны запретные святые места». В произошедших изменениях монахини явно видели Божий промысел. Одна из них писала: «Так свершилась Воля Божия – у Иерусалима своя судьба, и она во власти Бога Вседержителя».

Эти настроения полностью разделял и епископ Мефодий Кульман, организатор русских паломничеств в Святую землю. В 1968 году редактируемый им «Паломнический вестник» опубликовал статью, которую владыка, несомненно, просматривал перед выходом в печать. Среди прочего в ней говорилось: «В 1967 году упала стена, разделявшая святой город Иерусалим на две части. Двадцать лет стоявшая, как символ перемирия после жестокой войны 1948 года, делившая не только Город, но и всю страну, непостижимой волей Божией исчезла в несколько дней…И возможно стало посещение всех христианских святынь Святой земли, как ходил по ней воплотившийся Господь, Его Пречистая Матерь, св. Апостолы, девы-мироносицы. Как ходили впоследствии наши русские паломники, из конца в конец».