В русском языке немало вводных слов и сочетаний, пунктуационное оформление которых вызывает затруднения. К таким конструкциям относятся и обороты «по существу», «в сущности», «по сути». Их обособление напрямую зависит от функции в предложении и смысловой нагрузки.

Детально рассмотрим все нюансы и начнём с конструкций по сути и по сути говоря. Выражение по сути говоря всегда будет являться вводным и выделяться запятыми с двух сторон: «Сколько, по сути говоря, он тратил времени непродуктивно!» (А. Беляев); «И был это, по сути говоря, мой первый после училища бой…» (Г. Бакланов).

Оборот по сути разрешается употреблять только в разговорной речи. Языковой норме соответствует выражение по сути дела. Конструкции по сути дела и по сути являются вводными и обособляются, если используются в предложении, где «говорящий стремится, оставляя в стороне частности, мелочи, обнажить существо, суть чего-либо, действительное положение дел»: «По сути дела, это не дневник, а история болезни…» (М. Булгаков); «Они говорят о нем, хотя, по сути, они враги ему или абсолютно чужие» (И. Дедков).

Однако в случае, когда данные выражения употребляются в роли членов предложения в значении «по самому главному, существенному вопросу; в целом», знаки препинания не нужны: «… но было ясно, что все это мелочи, наносное, а по сути они люди настоящие, крупные, может быть даже необыкновенные» (Ю. Трифонов); «… поход Суворова и по форме, и по сути был и должен рассматриваться как обуздание международного агрессора» (С. Баймухаметов).

Обороты по существу говоря и в сущности говоря признаются вводными и требуют обособления. В своём значении выражения синонимичны конструкциям по сути дела (говоря) и собственно (говоря): они употребляются, если «говорящий ограничивается или намерен ограничиться только существом дела, оставляя в стороне частности, мелочи». Их легко можно перемещать в предложении или вовсе убирать из него без потери смысла: «И, по существу говоря, именно с тех пор, как человечество научилось думать словами, оно и начало «мыслить» по-настоящему» (Л Успенский); «В сущности говоря, она, судьба, нас еще не баловала счастьем» (Е. Гердт).

Усеченный вариант по существу, помимо вводного слова, может быть и наречием (синоним по делу). Наречие используется в значении «касаясь самого главного, существенного, не отвлекаясь на детали» и не обособляется. Сравним примеры: «… обсуждать чужую вину ни с кем не хотел. Тем более с подчиненным или посторонним, каким, по существу, (ввод. сл.) являлся для него этот фельдшер» (В. Быков) – Постарайтесь отвечать быстро и по существу (наречие).