Елена Гнесина родилась в Ростове-на-Дону в большой семье, увлечённой музыкой. Первые концерты будущая пианистка и педагог давала перед родными на домашних вечерах. В возрасте двенадцати лет она поступила в Московскую консерваторию, училась у известного итальянского пианиста Ферруччо Бузони.

Ей прочили яркую исполнительскую карьеру, но она с сёстрами Евгенией и Марией осталась верна своей мечте о создании в России детской музыкальной школы. Мечта сбылась 1895 году, когда в московской квартире семьи распахнуло двери «Училище сестёр Е. и М. Гнесиных». Преподавали сами, позднее подключили младших сестёр и брата.

В 1900 году училище обрело своё помещение, в число преподавателей вошли выдающиеся композиторы Александр Гречанинов и Рэйнгольд Глиэр. После революции уникальное детище сестёр Гнесиных получило поддержку государства.

Позднее Елена Гнесина создала ещё несколько музыкальных учебных заведений и свыше семидесяти 70 лет руководила ими, воспитав плеяду выдающихся исполнителей, дирижёров и композиторов, таких как Лев Оборин, Геннадий Рождественский, Борис Чайковский, Арно Бабаджанян и другие.

Елена Гнесина умерла в 1967 году в возрасте 93 лет. Ежегодно в день её рождения гнесинцы приходят на её могилу на Новодевичьем кладбище, чтобы отдать дать памяти великому педагогу.